Sie steht am Ort, wo der Erzählung nach der legendäre »Bottichmacher« im Jahr 1490 zum ersten Mal das gediegene Quecksilber bemerken sollte. Das ursprüngliche Kirchlein war ein Jahrzehnt später aufgestellt, wie die Urkunde, die in Udine am 22. August 1500 ausgegeben wurde, zeugt.

Bis zum Anfang des 17. Jahrhunderts hatte das Gebäude ein gemauertes gotisches Presbyterium, ein Holzschiff und eine ebene und bemalte Decke. In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts wurde es vorübergehend von Protestanten, die in Idrija einen großen Einfluss hatten, in Verwaltung übernommen. Als während des 30-jährigen Krieges in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts die Arbeiten beim Bau der neuen Barockkirche der heiligen Barbara inmitten der Siedlung – des Marktes – stecken blieben, wurde Sveta Trojica renoviert und verschönert. Der Meister Anton Knez erzeugte im Jahr 1629 ein spätgotisches, gerippt und netzförmig gewölbtes Presbyterium mit rosettenförmigen Schlusssteinen und spitzartig geformten Fenstern mit steinigem Maßwerk. Das Holzschiff wurde im Jahr 1668 mit seitlichen »goldenen« Altären ausgestattet, für den Hauptaltar hat aber im Jahr 1703 der Maler Carl Reslfeld ein großes Bild (Ölleinwand) Die Heilige Dreifaltigkeit krönt Maria verfertigt. In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts wollte man die Kirche sogar in ein Schulgebäude oder ins Quecksilberlager umwandeln, am Ende auch zerstören. Zum Glück setzte sich der Bischof aus Ljubljana, Anton Alojzij Wolf, der berühmte Landsmann von Idrija, selbst für ihre Erhaltung ein.

Die fünfhundertjährige Kirche Sveta Trojica ist heute vorbildlich renoviert. Die Pfarre in Idrija gestaltete sie in den Jahren 1981–1984 nach den Plänen des Architekten France Kvaternik um. Dem Gebäude sind authentische Formen zurückgegeben, insbesondere der Innenraum, wo sich die historischen und die modernen Stilelemente, die sinnvoll betont sind, befinden, ist anziehend. Das Presbyterium schmücken farbenfreudige Glasmalereien des Kunstmalers Lojze Čemažar, der bedeutungsvoll die biblische Thematik und die vom Leben und Verfahren in Idrija vereinte. Als vielsagende Symbole treten noch das Erz, die bergmännische Spitze (Bohrer) und die Karbidlampe (das ewige Lämpchen) auf.