Stoji na mestu, kjer naj bi po izročilu legendarni »škafar« leta 1490 prvič opazil samorodno živo srebro. Prvotno leseno cerkvico so postavili desetletje pozneje, kot priča listina, izdana v Vidmu (Udine) 22. avgusta 1500.

Do začetka 17. stoletja je imela stavba zidan gotski prezbiterij, leseno ladjo ter raven in poslikan strop. V drugi polovici 16. stoletja so jo začasno prevzeli v upravljanje protestanti, ki so imeli v Idriji velik vpliv. Ko so med 30-letno voj­no v prvi polovici 17. stoletja zastala dela pri zidavi nove baročne cerkve svete Barbare sredi naselja - trga, so sveto Trojico prenovi­li in polepšali.

Mojster Anton Knez je leta 1629 izdelal poznogot­ski, rebrasto in mrežasto obokan prezbiterij z rozetnimi sklepniki in šilasto oblikovanimi okni s kamnitim krogovičjem. Baročno ladjo so leta 1668 opremili s stranskima »zlatima« oltarjema, za glavni oltar pa je leta 1703 slikar Carl Reslfeld izdelal veliko podobo (olje - platno) Sveta Trojica krona Marijo.

V prvi polovici 19. stoletja so jo hoteli spremeniti celo v šolsko poslopje ali v skladišče živega srebra, nazadnje pa kar porušiti.
Na srečo se je sam ljubljanski škof Anton Alojzij Wolf, znameniti idrijski rojak, zavzel za njeno ohranitev.

Poltisočletna sveta Trojica je danes vzorno prenovljena. Idrijska župnija jo je preuredila v letih 1981-1984 po načrtih arhitekta Franceta Kvaternika. Stavbi so vrnjene avtentične forme, vabljiva pa je zlasti notranjščina, kjer so smiselno poudarjene historične in sodobne slogovne prvine.

Prezbiterij krasijo živobarvne vitraže akademskega slikarja Lojzeta Čemažarja, ki je pomenljivo združil biblijsko in idrijsko tematiko. Kot zgovorni simboli nastopajo še ruda, rudarska špica (sveder) in karbidovka - večna lučka.